Tendrás que crearte 3 perfiles. Uno general que contenga todo el tráfico, otro que capture el tráfico del subdominio en.miweb.com (se hace con un filtro) y otro que capture todo menos el tráfico de en.miweb.com (se hace con otro filtro).
Es decir, una sola cuenta de Analytics (un UA-XXXX-X), tres perfiles y 2 filtros (1 filtro para cada perfil que no sea genérico).
Podrías hacerlo con diferentes cuentas (pero ello supondría diferentes códigos UA) pero es más sencillo con una sola cuenta y tres perfiles. Para ello tendrás que hacer
cross domain que consiste en añadir unas líneas al código original de Analytics.