El problema ya lo solucione, bueno siempre lo tuve solucionado, y es filtrar los mensajes con el php:
if(row[leido]!='eli') { resto del codigo... }
Si ya se que me diras porque seguia, y es que las cosas de mysql me gusta hacerlas con mysql sin tocar el php, pero creo que en este caso no se pudo, y las variables no son necesarias, tambien funcionan con los metodos que mencionaste arriba:
Código PHP:
SELECT
IF(id=1,'si','no') var,
IF(IF(id=1,'si','no')='si','hola','adios') foo
FROM tabla
Código PHP:
SELECT
IF(id=1,'si','no') var,
IF(id=1,'hola','adios') foo
FROM tabla
Aun asi gracias, pero si se te ocurre solocuinarlo solo con mysql, te lo agradeceria mucho que lo compartas