Si tu librería de gráficos genera sólo flas, no lo podrás insertar en un pdf. En tal caso, deberás buscar otra opción de graficar, como
jgraph que te permitirá guardar la imagen en el servidor como .jpg y así es sencillo agregarla a un reporte pdf.
En el caso de dompdf, es tan simple como generar una página html con los datos y gráficos que quieras, con sólo pasar ese html a dompdf te genera el pdf.