En primer lugar
Bienvenido a FDW @GuillemPejo
Cita: "la pagina web que habías puesto en la ventana anterior, apareciera “incrustada” en la página de inicio."
Si, un poco liado es...
Consultá el uso de "prompt" de javascript
http://www.w3schools.com/js/js_popup.asp
y como cambiar dinámicamente el src de un iframe
http://javascript.espaciolatino.com/trucos/t41.htm
De la combinación de ambas cosas puede te salga una solución
Saludos