Insisto en lo que te dice 
gnzsoloyo 
Pero ... por que pones esos parentesis 
$consultar=
("SELECT id_usuario,id_comentario FROM user WHERE id_foto=$id_foto AND id_comentario NOT IN($valores)"
); 
$id_foto debe ser un numero 
$valores debe ser una sucesion de numeros sparados por comas 1,2,3,....,n que no ternime en coma como has puesto en algun ejemplo  
 Cita:  ...y aparece esto 1,2,3,9,11,13, eso es lo q ingresa al...
    Y hasta aqui mi ejercicio de imaginacion y paciencia, por favor postea la query tal y como llega al servidor... 
echo $consultar."<br>"; 
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