Creo que no es necesario que hagas 2 conexiones si es la misma base de datos, puedes hacer las conexiones sin seleccionar una base de datos especifica, en la consulta que están haciendo no están definiendo cual de las conexiones leer y por lo tanto esta leyendo solo una de esas 2.
Además no tiene NINGUN sentido crear 2 archivos de conexion, llamarlos y sobreescribirlos
include("conexion.php");
include("conexion1.php");
//database 1
$conexion=mysql_connect(...)or die ("problema al conectar con el servidor");
mysql_select_db($bd,$conexion) or die ("No se puede conectar con la base de datos");
//database2
$conexion1=mysql_connect(...)or die ("problema al conectar con el servidor");
mysql_select_db($bd1,$conexion1) or die ("No se puede conectar con la base de datos");
En este fragmento, llamas a ambos archivos de conexión los almacenas en las variables conexion y conexion1 y seleccionas sus BD, luego de esto sobreescribes ambas variables de conexion y conexion1 haciendo que todo lo anterior no sirva de nada, lo correcto sería simplemente:
$conexion=mysql_connect(...)or die ("problema al conectar con el servidor");
nada más, solo una conexión y sin seleccionar BD
Y otra cosa, recuerden que cuando se cruzan tablas (o en este caso bases de datos) los resultados crecen linealmente, o sea que si una tabla tiene 20 datos y la otra 20 tendrán 400 resultados cruzados, para evitar esto hay que poner una condición que indique una similitud entre ambas como filtro, algo así:
SELECT * FROM nominabogota.nomina, nominaodontologia.nomina WHERE nominabogota.nomina.cedula='11448694' AND nominabogota.nomina.cedula=nominaodontologia.nomin a.cedula
Espero me entiendan
