Como recoger el valor de un input?

[emprear]

@rompeguesos

Creo que ya entiendo el problema, cuando se genera el html con el php, todos tus inputs pata cantidad a comprar generan un mismo id, y los id no pueden repetirse.
cambiá esto
<input id="cantidadacomprar"
x algo que represente un valor único(puede ser el id de la empresa, supongo que será único), por ejemplo
<input id="' .$row5["id_empresa"]. ' "

aqui un detalle, como los id en javascript no pueden ser un numero ni deben comenzar por uno, en el caso que en tu BD tus id de mpresa sean solo un numero, tendrías que poner algo como
<input id="a_' .$row5["id_empresa"]. ' "

luego en la función, como argumento ni siquiera los pasas, ya que en la script como te dije lo podés construir con (suponiendo que hiciste lo del agregado de la letra como te indiqué recien), con
var cantidadAComprar = document.getElementById('a_' + id_empresa).value;

Saludos