Puedes usar el swf con fondo transparente, aunque esta opción sólo funciona en IExplorer y en algunos netscape.
Esta sería para el OBJECT:
<param name="wmode" value="transparent">
y para el EMBED:
wmode="transparent"
Estos son los Browsers en que funciona:
Windows and Mac OS X
Internet Explorer 3 or higher (Windows)
Internet Explorer 5.1* and 5.2* (Macintosh)
Netscape 7.0*
Mozilla 1.0 or higher*
AOL*
CompuServe*
saludos