No se si te entiendo.
¿En la consulta que realizas para obtener las materias, obtienes tambien las urls a las paginas?
Si es asi la JSP deberia ser algo tipo
Código:
Bienvenido<br/>
<%=nombreUsuario%><p/>
Tus Materias<p/>
<%
while (materias.hasNext()) {
Materia materia = materias.nextElement();
%>
<a href="<%=materia.url%>"><%=materia.nombre%></a>
<%
}
%>