Hola:
A bote pronto, bastaría con seleccionar solo los que quieres activar...
function CheckAll() {
for (var i=0;i<document.maruid["a_uid[]"].length;i++)
document.maruid["a_uid[]"][i].checked = document.maruid.allbox.checked;
}
No me fijé en detalle, pero te comento un par de cosillas...
En este foro es mejor que pongas el código resultante (ver código fuente).
Puedes simplificar algo el código por ejemplo pasando el formulario como parámetro.
Saludos
