Ok, encontré la solución al Problema A de los comentarios de Disqus mostrándose en el theme. La solución sencilla es añadir este snippet en functions.php de tu theme.
Código:
// Disqus: Prevent from replacing comment count
remove_filter('comments_number', 'dsq_comments_text');
remove_filter('get_comments_number', 'dsq_comments_number');
remove_action('loop_end', 'dsq_loop_end');
Todavía me falta la solución al problema C el de navegación.