La segunda expresión dentro del paréntesis del for siempre se convierte a Boolean. De manera tal que lo que ocurre es esto:
Código PHP:
<script type="text/javascript">
var o=[
{'inicio':0,'fin':350,'u':'px','propCSS':'width'},
{'inicio':0,'fin':350,'u':'px','propCSS':'height'} ,
{'inicio':0,'fin':1,'u':'','propCSS':'opacity'}
];
alert(Boolean(o[0]));//true
alert(Boolean(o[3]));//false
</script>