nemutagk: en el código que dejas, va a insertar el mismo $valor en todos los id de $arrayid, y no es el caso. Corrígeme si me equivoco.
Código PHP:
$sql = 'UPDATE settings SET set_value="'.$valor.'" WHERE set_id IN ('.implode(',',$arrayID).')';
javiandgo: espero a responderte a ver si nemutagk responde y lleva razón.