Bueno, teniendo en cuenta todo lo que han dicho, se puede hacer una tabla temporal, de esta forma:
Código PHP:
$MQ=mysql_query("CREATE TEMPORARY TABLE tab_temp(
name varchar(40) NOT NULL
);
INSERT INTO tab_temp VALUES ('".implode( "'),('", $nombres) ."');
SELECT * FROM `users`,tab_temp WHERE users.name=tab_temp.name;";
Esto crearía una tabla temporal de un solo campo que guardaría todos los nombres y luego la cruzaría con la tabla real reduciendo la carga :)