1 -> No se pueden personalizar alerts predefinidos de JavaScript.
2 -> Para hacer el tuyo propio, utiliza el atributo fixed de CSS, y combinalo con eventos del div que hagan que se cierre la ventana, etc, (puede ser .show(), .hide()).
3 -> Si quieres que solo se muestre una vez deberás trabajar con cookies.
Si quieres ver un ejemplo, mira esta de mi website, tengo una ventanita hecha así, para mirarla clickea cualquier imagen:
http://www.hardgamecafe.com/images.html
¡Saludos!
