si entendi bien, puedes hacer con la funcion array_diff:
http://www.php.net/manual/es/function.array-diff.php
o puedes hacerlo manualmente asi (siempre y cuando los dos arrays tengan la misma longitud, si no se te saldra del rango):
Código PHP:
for($i=0;$i<count($array1);$i++){
if($array1[$i] != $array2[$i]){
echo "El dato de la posicion ". $i ." es distinto";
}
}
Saludos!