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Iniciado por Triby 
Cómo subes los archivos por PHP_FTP?, desde el navegador y por medio de un formulario?, entonces tienes exactamente las mismas restricciones de tiempo de ejecución y tamaño de archivo.
Al servidor no le afecta si subes archivos de 200mb o 1gb, simplemente consumes espacio en disco y ancho de banda, lo que hagas después con esos archivos es lo que podría afectar el rendimiento, como conversión de videos y cosas así.
Generalmente cuando nos vemos en la necesidad de realizar modificaciones en php.ini, httpd.conf, etc. es cuando debemos migrar a un servicio de hosting más especializado, como un VPS.
Hola Triby gracias por contestar, si, lo estoy haciendo por medio de formulario, he notado que pude subir un archivo de 4 MB que antes por medio de upload simple no podía por eso me llamaba la atención, pero el de 200MB no me lo dejó subir y eso que decis del vps es muy cierto.