¿Cuánto sabes de java?
La ubicación de las clases siguen la estructura de los paquetes, y por ser una aplicación web, la estructura general será la de cualquier proyecto web.
De todas formas, por lo que he leído de tus otros mensajes, tú no necesitas montar de nuevo la aplicación, lo que necesitas es ver el código de una clase en concreto (puede que alguna más) para saber qué es lo que te falta que hace que te dé una excepción.
Tienes los class, quieres obtener los java, para volver a compilar los class
