Cita:
Iniciado por miktrv 
el hecho de como uses tus url no va ligado a la organización interna de tus ficheros.
Yo creo que sí.
Al menos de la forma en que yo tengo organizado mi web (web estática) ha variado entre tener todos los archivos en la raiz a pasarlos a tenerlos por carpetas (más organizado y más accesible para mí), y por ende, al acceder vía FTP tarda menos en cargarse.
Creo que hay que diferenciar en este caso en cómo usar las url y su consiguiente organización interna de los ficheros en una web estática y con la utilización de una base de datos, que es completamente diferente y es indiferente la forma en que se usen las url's.