Pues tienes que hacerte un script .. descargar.php por poner un ejemplo, donde le pases como parámetro el "archivo" a descargar, hagas el conteo o validación de tu usuario y lo entregues al navegador para descargar ..
El hecho de entregarlo al navegador para descargar implica dos cosas:
1) leer el archivo desde su ubicación física en el servidor.
2) mandar las cabeceras HTTP adecuadas para indicar al navegadro que lo que vas a enviar es "para descargar" ..
3) enviarlo propiamente al navegador.
Para esto último revisa este mensaje.
http://www.forosdelweb.com/showthrea...hreadid=132915
Lo demás sobre contabilizar descargas o quien las hace es cosa que añadas tus rutinas/lógica que necesites en ese script y las validaciones que necesites.
Un saludo,