Viendo tu código los errores son claros:
Código PHP:
echo '<input name="checky[]" type="hidden" id="activar2" value="'.$_GET['checky'].'"/>' . '<br /><br />';
Ahí no tiene sentido que imprimas $_GET['checky'], porque si te fijas es un arreglo que ya estás iterando.
Código PHP:
foreach ($_GET["checky"] as $checky2 => $value) {
En todo caso debes imprimir $value.
De ahí en fuera eso explica que te imprima Array, pues un array no se puede imprimir de una sola vez, para ello necesitarías iterarlo.