Cita: TransformerFactory tf = TransformerFactory.newInstance();
Transformer t = tf.newTransformer();
t.setOutputProperty("{http://xml.apache.org/xslt}indent-amount", "2");
t.setOutputProperty(OutputKeys.INDENT, "yes");
t.transform(source, result);
En java 6 llegaba con OutputKeys.INDENT, en el 7 creo que necesitas el ident-amount, no lo he comprobado.