la solución que te dieron de una tabla unicamente para los emails es correcta, pero lo estas implementando de manera erronea, no puedes estar creando una tabla cada vez que insertes un email, es ilógico eh inútil, la manera correcta es crear una sola tabla y luego ir insertando los email en dicha tabla con un identificador que lo asocie al email que vas a enviar...
solo separalos por las comas...
Código PHP:
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$emailsArray = explode(',',$emails);
echo '<pre>';
echo '</pre>';
echo 'email1: '.$emailsArray[0];
echo 'email2: '.$emailsArray[1];
echo 'email3: '.$emailsArray[2];