Javascript en PHP y este dentro de Javascript

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Hola a todos!
Es mi primer mensaje (como podreis ver :D). Siempre que he tenido dudas Googleando he llegado a esta página, así que ante una duda que no consigo resolver por más que lo busque he intente de mil formas diferentes, he decidido registrarme y ver si alguien sabe como resolverlo.

Bueno, os explico: Estoy haciendo una web y la cosa es que tengo un código PHP dentro de JavaScript para hacer unas consultas a una base de datos. La cosa es que necesito que en el WHERE del PHP estén presentes unas variables del JavaScript, por lo que hago es escribir "<javascript> document.write(xLat) </javascript>" dentro de todo el churro de la variable query en PHP. La cosa es que esto no funciona y me da que es porque cuando cierro la etiqueta script realmente cierra la primera script en vez de la que hay dentro del PHP. Esto lo he descubierto porque he sustituido la etiqueta <script> que hay dentro del PHP por la etiqueta <javascript>, simplemente para hacer la prueba... Y la pagina se ha visualizado bien pero no las variables (como ya iba a suponer ya que la etiqueta javascript no existe).

Así que tengo ahora mismo esa cosa... Que necesito incluir Javascript dentro de PHP que a su vez está dentro de un JavaScript...

¿Alguien que me ilumine?