En mi primitiva versión hay 2 opciones al grabar TGA, al parecer la primera no funciona y la segunda sí.
Acá hay un archivo de prueba como te mendiono arriba. Ya confirmé la máscara si está.
Si la transparencia no te está funcionando lo verás como a la izquierda y si si te funciona como a la derecha:
http://otake.com.mx/foros/transparenteTest.tga