sobre multiples insert/update desde un .csv

[ocp001a]

Lo del número gigante de conexiones no tiene sentido, puedes hacer una sola conexión para todo el proceso. Si tienes un campo que pueda ser usado como clave, es decir que no pueda repetirse, puedes indicar ese campo como primary key, de forma que optimizaría mucho cuando insertes los datos para que los datos repetidos lo ignore o bien los actualice según necesites.

Otra forma es si manejas fechas, borra de la bd todo lo que tenga una fecha igual o mayor a la fecha mínima de tu proceso, y a partir de ahí sólo insertar.