Hola sebacomas:
Como observación aparte a la que hace gnzsoloyo, te comento lo siguiente: si utilizas JOIN's para unir tus tablas
ENTONCES UTILIZA LA CLÁUSULA ON, en lugar de especificar las uniones en el WHERE...
Código:
SELECT i.imagenes, s.seccion
FROM imagenes i
INNER JOIN secciones_imagenes si ON si.id_imagenes=i.id
INNER JOIN secciones s ON s.id=si.id_secciones
WHERE s.seccion='$seccion'
De la manera en que lo estás poniendo, primero se realiza un producto cartesiano entre tus tablas y después un filtrado... utilizando ON, no se realiza el producto cartesiando, sólo la unión natural entre las tablas y después el filtrado, por lo que es más eficiente la consulta.
Saludos
Leo.