Bueno,
GatorV. Revise la librería que me recomendaste pero la verdad me fue de poca ayuda, la mayoría de los comandos son obsoletos (no se usan en PHP5) y casi no existe documentación adicional sobre los que si están en uso.
Para lograr la transmisión serial use la clase php_serial.class que ademas tiene la ventaja de poder usarse en windows y en linux. Tal como me lo imaginaba el problema era la manera como se hacia la conversión a hexadecimal de los números. En este post que dejo abajo esta descrito como lo solucione por si es de interés para alguien.
http://www.forosdelweb.com/f18/no-lo...-datos-997318/