En el modelo, el modelo no solamente es la base de datos, al contrario, el modelo se puede dividir en "n" capas, el modelo es donde esta toda la lógica del negocio, es donde haces todos los procesos.
En este caso justamente ya lo tienes dividido como lo explicaste, tienes un controller A que recoge (input) un XML, este lo manda al modelo para ser procesado y levanta X objetos y datos, los almacena en donde sea (un file, session, database, etc.).
Luego tienes un controller B, donde recoges parámetros de búsqueda (input) los mandas al modelo, y regresas un resultado que asignas a la vista.
Te recomiendo leas lo siguiente:
http://weblog.jamisbuck.org/2006/10/...ller-fat-model
Te hace ver más claramente la separación, el controlador solo debe de recoger parámetros y afectar al modelo y renderar una vista, es todo lo el proceso, tu "grasa" de tu aplicación es el modelo y la vista.
Saludos.