Lo primero, ¿por qué necesitas que lo haga hibernate?.
Hibernate no lee un fichero sql y ejecuta los comandos. Con código java si puedes ejecutar SQLs con hibernate, así que tendrás que abrir el fichero, ir leyendo las sentencias SQL y decirle a hibernate que las ejecute
http://docs.jboss.org/hibernate/orm/.../querysql.html
Se bueno.