Cita:
Iniciado por caitoss 
Por cierto me puedes explicar ¿qué haces con estas lineas? porque yo creo que ahí está el problema:
var miValor = document.peruid['a_permiso[]'][j].value.substr(0,7+largoNum);
if(miValor == "$modid"+i){
document.peruid['a_permiso[]'][j].checked = cajaCheck.checked;
}
Nuevamente muchas gracias. Hemos avanzado mucho
Estoy seleccionando solamente la primera mitad del valor osea $modid1 o $modid2 etc. Como estoy recorriendo el arreglo a_permiso y pensaba que había que seleccionar todo los $modid1 así es como lo logre.