Hay varias formas, algunas mas sencillas, otras no tanto.
Todo dependerá de que módulos tengas habilitados en apache´, como este instalado php en Apache, etc
lo primero que seberías intentar es, en el .htaccess de tu raiz incluir
Código Apache:
Ver original<IfModule mod_deflate.c>
AddOutputFilterByType DEFLATE application/xhtml+xml
AddOutputFilterByType DEFLATE text/plain
AddOutputFilterByType DEFLATE text/html
AddOutputFilterByType DEFLATE text/xml
AddOutputFilterByType DEFLATE text/css
AddOutputFilterByType DEFLATE text/javascript
AddOutputFilterByType DEFLATE application/xml
AddOutputFilterByType DEFLATE application/xhtml+xml
AddOutputFilterByType DEFLATE application/rss+xml
AddOutputFilterByType DEFLATE application/javascript
AddOutputFilterByType DEFLATE application/x-javascript
</ifModule>
Podés agregar/quitar tipos según tu gusto, como verás son todos archivos de texto.
Para el caso de los .java, no se exactanmente el mime correcto, supongo que sería alguno de estos
text/x-java-source, text/java, text/x-java, application/ms-java
Para verificar tendrías que utilizar alguna herramienta que te permita ver los headers enviados por el server, deberías ver algo como
Date: Mon, 11 Jun 2012 18:35:49 GMT
Server: Apache/2.2.3 (CentOS)
Vary: Host,Accept-Encoding
Last-Modified: Mon, 09 Jan 2012 02:52:56 GMT
Etag: "8698cf8-1a25-4b60f7edcb200"
Accept-Ranges: bytes
Content-Encoding: gzip
Cache-Control: public, max-age=2419200
Content-Length: 1740
Content-Type: text/css; charset=utf-8
Content-Language: es
200 OK
En negrita, el encoding
SAludos