Según el tutorial, MongoDB no funciona vía claves foráneas y demases, y la forma de trabajar es bastante diferente. Creo que el problema radica en que no se puede trabajar con postgre de la misma forma que se trabaja con Mongo, y que tus modelos no servirán. Pero sin tener experiencia de primera mano (ni haber leído completamente la documentación) no lo puedo decir con seguridad.
Tutorial de Django MongoDB ->
http://django-mongodb.org/tutorial.html
Saludos.