¿Quieres saber lo que pienso?
Que lo que argumentas carece totalmente de sentido, si es un mismo script, y además está todo en la misma ejecución no debería suceder lo que dices.
Es como si la lógica universal de las cosas, así como el flujo correcto de tu script se invirtiera.
En el código que muestras no existe nada evidente que haga el cambio de las variables, o en el peor de las casos que las elimine, lo curioso también es qué ¿no estás recibiendo ningún mensaje de error?
De verdad, con lo que muestras y si así mismo son afirmativas mis suposiciones entonces el que está equivocado eres tu, no tu script.