no entiendo muy bien lo que quieres hacer, por que en realidad idOrigen e idDestino son en realidad idSistema y no lo modificas para nada asi que en la otra funcion podrias pasar idSistema como parametro y ya, o usarla como global y manipularla en cualquier funcion, pero si tu caso es mas especifico y necesitas usarlas de la funcion lo cual fue tu pregunta podrias retornar la variable que quieres ejemplo:
Código:
function origen(NumSistema, IdSistema) {
document.getElementById("origen").value = NumSistema;
var IdOrigen = IdSistema;
return IdOrigen;
}
function capturarorigen()
{
var org;
org = origen(parametro1,parametro2);
}
eso deberia funcionar, y si no quieres llamar la funcion pues ya seria con apuntadores que creo que javascript no tiene, o con variables globales