Debería funcionar, acabo de probar el código y a mi me va, bueno he de decir q lo he modificado un poco para hacer la prueba más facilmente:
Código:
<html>
<body>
<script>
function capa(num)
{
var estilo = document.getElementById("capa"+num).style;
if (estilo.display == "none")
{
estilo.display = "block";
}
else
{
estilo.display = "none";
}
}
</script>
<div id="capa1"><a href="#" onclick="capa(1)">capa1</a></div>
<div id="capa2"><a href="#" onclick="capa(2)">capa1</a></div>
</body>
</html>
]