Tes
Antes de tratar de dar alguna luz a tu consulta, he querido ver las páginas a las que haces referencia.
Por una parte,
el idealista tiene un desarrollo a nivel de formularios (select) muy importante. En su calidad de P2P el usuario va seleccionando y reduciendo sus opciones mediante select hasta llegar a lo concreto. Respecto a los mapas, los inserta a través de una aplicación (dojo) con un efecto limitado de
Marker Clusterer. Su área de influencia, limitada a cada provincia (individualiza un mapa por cada provincia seleccionada, o tal vez con el mismo efecto delimitador que lo hace
libraries=places) satura los marcadores.
Respecto a
Fotocasa, lo que reduce en los select lo amplia en google maps. La solución es tan espectacular como ideal: desarrolla un
Marker Clusterer personalizado y muy bien trabajado. El desarrollo selectivo previo lo es también para agrupar y ordenar sus marcadores.
En tu pregunta final
Cita:
Iniciado por Tes 
¿Cómo, teniendo las coordenadas de varios puntos del mapa, podría realizar una búsqueda en mi base de datos dependiendo del área de Google Maps mostrada (si hay más zoom, menos zoom, etc?
Gracias.
Inicialmente pensé que podría serte útil lo que desarrolla google maps con su
libraries=places, evidentemente con sus registros. Adaptar esta librería (crearte la tuya propia) puede ser más o menos complejo.
Personalmente me decantaría por desarrollar un
Marker Clusterer personalizado.
Sería implementar a google maps lo que se desarrolla
aquí.
Sea cual fuere tu decisión, creo que te espera una arduo trabajo.