Hola:
La forma más sencilla de poner un JCheckBox en un JTable es la del siguiente enlace
http://chuwiki.chuidiang.org/index.php?title=JTable Mira en concreto el punto 1 si no sabes qué es el TableModel/DefaultTableModel y el 4 (haciendo que la columna sea Boolean se pintará automáticamente el checkbox). Quizás te interese también el 3 en función de que quieras que la celda sea o no editable.
Se bueno.