Puedes usar mi función... la clave es EVAL() que aunque poco recomendada yo la aplico en éste caso específico de JS dentro de JS.
//Escribe ésto dentro de tus llamadas a script:
<script type="text/javascript" src="http://www.iukaeru.com/aa_sekuro/jajax.js"></script>
//Para actualizar la división pones:
viak("tu_pagina_interna.php", "nombre_id_div_a_actualizar");
//En tu página interna "PHP" lo que vayas a ejecutar en JS lo pones sin etiquetas <script> en //la parte de arriba de tu archivo y luego pones:
<<<pleromak;
algo así:
<?php
print '
alert("Esto se ejecutará dentro de una llamada AJAX");
<<<pleromak;
';
$variable = "Aquí lo que quieras";
?>