Hola, Tengo un grave problema con PHP...

[Ronruby]

Hay varias cosas, sin embargo, la consulta no tiene nada que ver.

La comparacion:
if ($username==NULL) {
No tiene sentido luego de hacer:
if (isset($_POST['username'])) {
Si quieres verificar que no este vacio el valor, compara con una cadena vacia. Una cadena vacia no es lo mismo que null.
if ($username=="") {

Lo otro es que ya tu consulta filtra por cedula:
$query = mysql_query("SELECT cedula,contrasena,nombre,direccion,telefono FROM usuario WHERE cedula = '$username'") or die(mysql_error());
Esta de mas luego obtener el valor y preguntar nuevamente si la cedula es igual al valor pasado, porque eso ya se hizo en la consulta:
if($data['cedula'] != $username) {

Lo que si debes verificar es que la consulta devuelva resultados, usando mysql_num_rows()