Buenas,
No entiendo muy bien el propósito del FileChooser que propones. ¿Se supone que sólo debe dejar navegar por los directorios y los archivos que tú indiques?
Por supuesto, puedes crear tu propio FileChooser usando las llamadas de las librerías de Java para obtener los directorios y archivos del sistema y representandolo en un control personalizado hecho por ti (puedes usar un TreeView para hacerlo, un ejemplo:
http://java-elrincondetucasa.blogspo...-archivos.html).
Saludos.