Lo primero, puede que tu hosting no te de los privilegios de otorgarle permisos 777 a las carpetas por temas de seguridad, pero eso no es impedimento para eliminarlas y trabajarlas?
de donde las estas eliminado? FTP si es asi deberían no tener contenido ya que no eres root eres solo administrador, por lo que te pedirá que las carpetas estén vacías para poder eliminarlas. con php si usas unlink por ejemplo o rmdir y te da error puede que necesites eliminarlas de forma recursiva. prueba con esto :
http://www.deambulando.com/2009/02/0...ursiva-en-php/
espero te sirva, de lo contrario puede que tu proveedor de hosting tenga algo que ver.
Saludos