Hola de nuevo.
 
Prueba esto a ver si te sirve: 
 Código PHP:
    <html>
<head>
<script>
function marcar() {
    obj=arguments[0];
    for(i=1;i<arguments.length;i++) {
    if (obj.checked)
        document.getElementById(arguments[i]).style.backgroundColor='ff0000'
    else
        document.getElementById(arguments[i]).style.backgroundColor='' }
}
</script>
</head>
 
<body>
<table>
  <tr id="fila1">
    <td>Celda 1</td>
    <td>Celda 2</td>
    <td>
    <input type="checkbox" onClick="marcar(this,'fila1')">
    </td>
  </tr>
  <tr id="fila2">
    <td>Celda 3</td>
    <td>Celda 4</td>
    <td>
    <input type="checkbox" onClick="marcar(this,'fila2')">
    </td>
  </tr>
  <tr id="fila3">
    <td>Celda 3</td>
    <td>Celda 4</td>
    <td>
    <input type="checkbox" onClick="marcar(this,'fila3')">
    </td>
  </tr>
</table>
<input type="checkbox" onClick="marcar(this,'fila1','fila3')">
</body>
 
</html> 
   
  En el último checkbox, a continuación de this, pones las filas que quieres manejar separadas por comas. 
Saludos, 
