Error maldito en el código

[vincegeratorix]

Hola!
Estaba haciendo un programa para hacer grafos. Lo estoy haciendo con interfaz gráfica, usando lo que nos enseñaron en la U.
El problema, es que si se fijan al ejecutarlo, las funciones del primer código que pongo (Ventana1.java) grafoNoDirigidoVertices2 y grafoDirigidoVertices2 se ejecutan dos veces al comienzo, lo que hace que la variable "n" disminuya. En fin, ejecútenlo y fíjense en lo que sale en la consola. No he podido solucionar ese problema, me he cabeceado un montón.
Les dejo los códigos comprimidos:
[URL="http://www.mediafire.com/?hnhnnxj3tgjuygy"]http://www.mediafire.com/?hnhnnxj3tgjuygy[/URL]

Por limitaciones de la página, no puedo poner los códigos, ya que supera la cantidad máxima de carácteres. pero están en el zip que subí arriba. Lo siento.
Ah! no usé excepciones porque no las sé manejar, ya que no me las pasaron en la U (era eso o interfaces xD, y recién este semestre vimos java, que estoy en segundo año xD).

No suelo preguntar, de hecho es mi primera vez, pero ése error de verdad que no sé cómo arreglarlo.