Una solución seria bigdump que fragmenta el fichero.sql de gran tamaño en varios pequeño y lo va ejecutando uno a uno automático.
puedes descargarlo aqui
http://www.ozerov.de/bigdump.php
es un scrip php
Cómo usar BigDump
1. Abra el archivo bigdump.php con un editor de texto y ajuste los parámetros:
// Database configuration
$db_server = 'miservidordedatos.com';
$db_name = 'mibasededatos';
$db_username = 'misuario';
$db_password = 'micontraseña';
// Other settings (optional)
$filename = 'respaldo.sql.gz';
...
$db_connection_charset
= 'conjunto de caracteres (latin1, utf8, etc.)';
2. Si su script de respaldo no contiene instrucciones DROP TABLE, entre a phpMyAdmin y borre todas las tablas de la base de datos destino.
3. Cree carpeta de trabajo en el servidor web. La llamaremos /dump.
4. Con un cliente FTP suba al directorio de trabajo tanto el script bigdump.php como el script de respaldo. No olvide darle al script bigdump.php permisos públicos de ejecución y de lectura.
5. Con su navegador web (se recomienda IE o Firefox) ejecute el script bigdump.php con una URL como la siguiente:
http://miservidorweb/dump/bigdump.php.
6. Seleccione la opción Start Import para iniciar la importación.
7. No cierre el navegador hasta que el script haya terminado.
8. Borre el directorio /dump si no quiere que cualquiera pueda descargar un archivo con los parámetros de acceso a su base de datos.