bueno, pues las marcas importantes incluso las medianas, usan manual de imagen corporativo, un documento que te indica como se puede usar el logo y como no se puede usar, en principio cambiar lo colores de un logo es un error, aunque en ocasiones se hace para poder soportar el logo sobre fondo negro y blanco, o sobre una fotografia, etc, sin embargo eso depende de la marca, digamos cocacola es una marca tan posicionada que seria un error absoluto llegar a poner el logo en azul para combinar con un fondo.
yo pensaría que es mejor cambiar la web a la imagen corporativa de la empresa.
Tambien te recomiendo eta herramienta de adobe que nos ayuda a considerar las mejores combinaciones de colores
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