Hola:
Las tablas tendrás que generarlas tu propio programa java llamanando a un script que hagas de creación de tablas o bien con código java JDBC y sentencias statment.executeUpdate("create table ....).
Lo normal es que la aplicación java en el arranque se conecte a la base de datos y verifique si están las tablas ya creadas (
http://www.chuidiang.com/java/mysql/...e-MetaData.php ) y las crea si no lo están.
Se bueno.