El fallo en la conexión habría que ver exactamente cual es. Pon la excepción exacta que da.
EFectivamente, las tablas no se guardan en el jar. Se guardan en un directorio que por defecto estará en el directorio de ejecución de la aplicación, salvo que en la conexión digas el path que quieres. Echa un ojo al apartado "Database" aquí
http://db.apache.org/derby/papers/De.../ij_intro.html
Se bueno.