Hola, gracias por la bienvenida y por responder, termine solucionando el problema agregándole el doc!=0 a la condición de los if y funciona correctamente, el codigo quedo así.
    
Código Javascript
:
Ver original- <script type="text/javascript"> 
-   
-         var varon='varon'; 
-         var mujer='mujer'; 
-         var varones=0; 
-         var mujeres=0; 
-         var varia=0; 
-   
-         do { 
-             var doc=prompt('Numero de documento'); 
-             doc=parseInt(doc); 
-   
-             if (doc!=0) { 
-                 var edad=prompt('Edad'); 
-                 var sexo=prompt('Sexo'); 
-                 edad=parseInt(edad); 
-             } 
-   
-             if (doc!=0 && sexo==varon) { 
-                 varones=varones+1; 
-             }else { 
-                 if (doc!=0 && sexo==mujer) { 
-                     mujeres=mujeres+1; 
-                 } 
-             } 
-   
-             if (doc!=0 && sexo==varon && edad>=16 && edad<=65) { 
-                     varia=varia+1; 
-                 } 
-         } while (doc!=0); 
-   
-         var cantidad=varones+mujeres; 
-         document.write('Fueron censados '+cantidad+'<br>'); 
-         document.write('La cantidad de varones es de '+varones+'<br>'); 
-         document.write('La cantidad de mujeres es de '+mujeres+'<br>'); 
-         document.write('La cantidad de varones de entre 16 y 65 años es de '+varia); 
-   
-     </script> 
De nuevo gracias gente de forosdelweb.