Me parece que no es lo mismo div que section, ya que en html5 existen ambas etiquetas, y si fuera cierto que son lo mismo ¿para que tener dos etiquetas que hacen lo mismo?
No soy experto en html y mucho menos en html5, pero para mí que algún sentido debe tener. Y ese sentido es el sentido semántico.
Supongamos que tenemos dos cajas, una de carton totalmente marrón, y otra de plástico con gavetas y que dice herramientas. Es muy probable que la segunda tenga en su interior herramientas, mientras que la primera podría tener herramientas, zapatos, ratones o estar vacia, es decir, no es posible darse cuenta, sin abrirla, cual es su contenido.
Lo mismo sucede con los navegadores, cuando se encuentran con div, saben que tienen algo, pero a todos los div que encuentren les dan la misma importancia, ya sea el consabido <div id="contenedor-gral">, o que sea el <div id="cabecera">, o que sea un div vacío que se usa para limpiar los float. Una vez que "ven" que tienen esos div proceden a darle mayor o menor relevancia semántica a su contenido, por ejemplo si encuentra un h1.
En cambio cuando se topan con un section, saben que se trata de una sección de la web, y como tal le dan mayor relevancia.
Y para comprender mejor, nos podemos dar cuenta que <header> <nav><footer> etc son section especificos, y con ello comprendemos cual es el verdadero sentido por el cual fueron creados. Bah, al menos eso es lo que yo entendí. Claro, pude haber entendido todo mal, si es así que alguien me corrija por favor.
Sobre la compatibilidad es cierto, pero no por eso nos vamos a quedar en el pasado. Si están hay que comenzar a usarlas.
Saludos